En 692, les Itzaes abandonnèrent Chichen Itza et y revinrent en 987, selon la légende, sous la conduite du grand prêtre de Tula, Quetzalcoatl, que les Toltèques avaient chassé. Il fonda une nouvelle cité au nord de la précédente et donna le pouvoir à une dynastie Itza avant de repartir vers le Mexique central.

Les Itzaes régnèrent sur la cité durant deux siècles et construisirent la "Pyramide de Kukulcan" (traduction Maya de Quetzalcoatl) en l'honneur de leur fondateur.
Les Itzaes s'unirent aux Cocomes de Mayapan et aux Xiues de Uxmal au sein de ce qu'on appela "la Ligue de Mayapan". Mais l'alliance fut rompue par les Cocomes en 1194 et les princes de Chichen Itza furent expulsés de leur cité.

A partir de cette date la ville fut peu à peu abandonnée, et très peu de nouveaux monuments ou stèles furent érigés.
En 1533 les espagnols occupèrent un moment Chichen Itza. Le premier européen à s'être intéressé au site fut l'évêque Diego de Landa (1566). Mais ce n'est qu'au XIXème siècle que les archéologues la firent connaître au monde.

Chichen Itza est le site touristique mexicain le plus connu. Il le doit à ses monuments majestueux et parfaitement restaurés. Le Castillo (Pyramide de Kukulcan) domine le site. Mais d'autres édifices ont beaucoup d'importance : Le Jeu de pelote, un des plus grands de l'aire méso-américaine; Le temple des mille colonnes, gardé par un Chac Mool impressionnant.
Mais on visitera également les cenotes, ces puits naturels qui servaient aux rituels et aux sacrifices, et sans qui la vie à Chichen Itza n'aurait pas été permise.