L'histoire du Panamá a été grandement influencée par la position stratégique de cet isthme étroit qui relie l'Amérique du Nord à l'Amérique du Sud et sépare l'océan Pacifique de l'océan Atlantique. Les Cunas, les Chocos et les Guaymis sont quelques-unes des tribus indigènes qui ont occupé la région. Même si ces civilisations n'étaient pas aussi avancées que celles des Mayas ou des Incas, il se peut qu'elles aient subi l'influence de celles-ci. L'explorateur Rodrigo de Bastidas débarqua sur le territoire en 1501 et, l'année suivante, Christophe Colomb revendiqua le Panamá au nom de l'Espagne.

Panama : comparer les prix des billets d'avion pour le Panama

Le Panamá servit de base au transport maritime des minéraux, des métaux précieux et des trésors en provenance du Pérou et acheminés vers l'Espagne par un axe traversant le pays d'un océan à l'autre, de Panamá au port de Nombre de Dios, sur l'Atlantique. Dépendant de la vice-royauté du Pérou, le Panamá fut intégré à la Nouvelle-Grenade au début du XVIIe siècle et resta sous la domination espagnole jusqu'en 1821. La Nouvelle-Grenade fut alors rattachée à la république de Grande-Colombie, créée sous l'égide de Simón Bolívar. En 1826, Bolívar réunit les gouvernements des cinq États de la Grande-Colombie, à Panamá, lors du congrès panaméricain, afin de construire avec eux l'unité du continent sud-américain. Il mourut cependant en 1830, avant d'avoir consolidé cette unification.

Déjà, en 1855, les Américains avaient achevé la construction d'une voie ferrée qui traversait le Panamá d'un océan à l'autre. Les Espagnols avaient eu l'idée de construire un canal pour relier les deux océans, mais ce fut un Français, Ferdinand de Lesseps, qui, en 1880, réalisa finalement la première tentative avec la Compagnie universelle du canal interocéanique. Les travaux furent cependant interrompus neuf ans plus tard en raison d'un grave scandale politico-financier qui secoua la IIIe République française.

En 1903, la Colombie refusa aux Etats-Unis le droit d'achever le canal. En réaction, les États-Unis incitèrent le Panamá à se soulever. Le 3 novembre de cette même année, la Colombie dut alors consentir à la création de la république du Panamá. Des troupes américaines furent envoyées pour soutenir le nouveau gouvernement panaméen et, dès le 18 novembre, les droits du canal furent vendus aux États-Unis.
Le canal fut achevé en 1914, et devint un passage obligé pour les bâtiments naviguant entre les océans Atlantique et Pacifique, leur évitant le long, et souvent périlleux, voyage autour du cap Horn, à la pointe de l'Amérique du Sud. Les États-Unis contrôlaient le canal, et la plupart des postes de direction furent confiés à des citoyens américains.


Depuis l'indépendance, acquise en 1903, la vie politique du Panamá a connu des soubresauts, les relations souvent tendues avec le voisin américain en étant un enjeu important.
En 1968, à la suite d'une série d'élections contestées et de crises constitutionnelles, le général Omar Torrijos, commandant de la garde nationale, s'empara du pouvoir.

À la mort de Torrijos, en 1981, son ministre de la Défense, le général Manuel Antonio Noriega devint de plus en plus influent. En 1988, Eric Arturo Delvalle, devenu président en 1985, essaya de chasser Noriega, lequel, par la suite, destitua Delvalle. Noriega gouverna en tant que chef de l'Assemblée nationale et décréta l'état d'urgence.

Le régime de Noriega devint de plus en plus répressif et corrompu. Les relations avec les États-Unis se détériorèrent, le président américain, George Bush, appelant en mai 1989 l'armée et le peuple panaméens à renverser Noriega. En octobre 1989, une tentative de coup d'État contre Noriega échoua et le 20 décembre de la même année, les États-Unis envoyèrent des troupes au Panamá (opération "Juste Cause"). Noriega se réfugia dans la nonciature du Vatican, mais il fut extradé aux États-Unis; en 1990, les Américains installèrent au pouvoir Guillermo Endara. Reconnu coupable de trafic de drogue, Noriega fut condamné, en 1992, à purger une peine de prison de quarante ans aux États-Unis.

En 1994, Ernesto Perez Balladares, du Parti révolutionnaire démocratique, est élu président de Panama. Il veut briguer un second mandat en 1999, mais il est désavoué par le peuple lors du référendum du 30 août 1998 et son parti perdra les élections présidentielles de Mai 1999, face à Mireya Moscoso, la veuve de l'ancien caudillo Arnulfo Arias.

Mais la situation économique se dégrade, accompagnée par la montée du chômage. Mireya Moscoso va perdre les élections de Mai 2004 face au candidat social démocrate Martin Torrijos qui lui succède à la tête de l'Etat.